کتابخانه داکینگ برای سرعت بخشیدن به کشف مواد مخدر
یک میلیارد ترکیب با ارزش خالص " طعمه " انتظار می‌رود
فوریه ۲۰۱۰ - آزادی مطبوعات
محققان یک کتابخانه اتصال مجازی بسیار بزرگ را راه‌اندازی کرده‌اند که انتظار می‌رود تا سال آینده به بیش از ۱ میلیارد مولکول برسد . این امر با افزایش تعداد ترکیبات " ادامه‌دار " برای دانشمندان زیست‌شناسی شیمیایی و کشف دارو , گسترش خواهد یافت . هرچه کتابخانه بزرگ‌تر باشد احتمال حذف مولکول‌های غیر فعال را بهتر می‌کند . این پروژه توسط موسسات ملی بهداشت تامین می‌شود .
جاشوا ای . موسسه ملی بهداشت روانی nih . " مدل محاسباتی بی طرفانه به ما این امکان را می‌دهد که این کار را در یک کامپیوتر انجام دهیم , به طور گسترده فرآیند کشف درمان‌های جدید را تسریع کنیم . این دستگاه محققان را قادر می‌سازد که عملا ً " یک مولکول اتصال با پروتئین گیرنده خود را مشاهده کنند - مانند یک کشتی در اسکله بندر یا کلید در قفل آن - و ویژگی‌های دارویی آن را پیش‌بینی کنند , براساس این که چگونه ساختارهای مولکولی برای برهم کنش پیش‌بینی می‌شوند . تنها تعداد کمی از مولکول‌های کاندیدا که بهترین تطابق را با پروفیل هدف داشته باشند باید بصورت فیزیکی ساخته و در آزمایشگاه مرطوب آزمایش شوند . "
برایان راث از دانشگاه کارولینای شمالی یکی از دانشگاه کارولینای شمالی است . این مطالعه با کمک بلاعوض از موسسه ملی علوم پزشکی , موسسه ملی علوم پزشکی nih , و موسسه ملی اختلالات عصبی و سکته مغزی انجام شد .
" صندوق مشترک nih " برای کاتالیز تحقیقات بر روی پروتئین‌هایی که در حال حاضر مورد مطالعه قرار می‌گیرند و اهداف بالقوه مداخله درمانی - که توسط توسعه کتابخانه اتصال سرمایه‌گذاری می‌شوند - آغاز شده‌است .
در طی چند سال گذشته راث , راث , و همکارانش روش داکینگ مبتنی بر ساختار مجازی خود را برای کشف رازهای ملکولی یک داروی ضد جنون و آل اس دی که به گیرنده‌های هدف مربوطه متصل شده‌اند , بکار گرفته‌اند .
تعداد زیادی از مولکول‌های بالقوه شبیه به مواد مخدر وجود دارند . محققان می‌گویند با این حال صدها میلیون ها تا میلیاردها ملکول مختلف به دلیل محدودیت‌های روش‌های موجود برای تهیه کتابخانه‌های مولکولی غیرقابل‌دسترس باقی مانده‌اند . به عنوان مثال , تکنیک داکینگ مبتنی بر ساختار مجازی آن‌ها , در حالی که امیدوار کننده است , ریسک یافتن بسیاری از تشخیص‌های مثبت کاذب یا " طعمه " در مدل اجازه می‌دهد که مولکول‌هایی که محتمل به نظر می‌رسند اما از نظر بیولوژیکی غیرفعال به‌نظر می‌رسند .
برای غلبه بر این چالش , محققان بر روی مولکول‌هایی که از واکنش‌های شیمیایی به خوبی شناخته‌شده استفاده می‌کنند , استفاده می‌کنند . شبیه‌سازی کامپیوتری با این مولکول‌ها نشان داد که با افزایش اندازه کتابخانه , نسبت " کنشگران واقعی " به طعمه افزایش می‌یابد .
در مطالعه جدید , محققان داکینگ مولکولی مبتنی بر ساختار را با گیرنده d4 , یک پروتئین کلیدی که واسطه کنش‌های پیام‌رسان شیمیایی مغز است , یا آنزیمی که مقاومت را به آنتی‌بیوتیک‌های خاصی انتقال می‌دهد , بررسی کردند و اثبات کردند که مسدود کردن آن مشکل است .
منبع سایت